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Clayff力场参数中bond项不描述Me-O成键该如何画图

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晓声寒月

发布时间: 2024-6-26 09:30

正文摘要:

本帖最后由晓声寒月于 2024-6-26 13:10 编辑请教各位老师，学生在使用Gromacs基于Clayff力场跑pyrophyllite的分子动力学时，发现其中的bond参数缺失（附ffbonded和ffnonbonded.itp文件）；（力场参数文件从h ...

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ZMHZMH 发表于 Post on 2024-12-16 08:51:40

您好，我是第一次接触这个力场，这个力场具体是怎么生成的呢？或者可以推荐我先学些什么呢？感谢！

晓声寒月 发表于 Post on 2024-6-26 14:39:24

ys_song 发表于 2024-6-26 13:51
see here: http://sobereva.com/534

收到，感谢~

ys_song 发表于 Post on 2024-6-26 13:51:03

晓声寒月发表于 2024-6-26 13:08
是的，我看到了。但主要是对这种方式（只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键）有点不太理解，另外我关 ...

see here: http://sobereva.com/534

晓声寒月 发表于 Post on 2024-6-26 13:08:20

tjuptz 发表于 2024-6-26 11:59
文章正文里都说了，只有羟基部分涉及成键作用，看看原文

是的，我看到了。但主要是对这种方式（只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键）有点不太理解，另外我关注的重点在于，如果这样是ok的话，我该如何把跑出来的结构可视化，因为Si-O和Al-O没有成键关系所以导入vmd的效果如图pyrophyllite.jpg。
抱歉可能我的标题有点误导性，我关注的重点不是参数的缺失，而是后续的画图\抱拳

tjuptz 发表于 Post on 2024-6-26 11:59:28

文章正文里都说了，只有羟基部分涉及成键作用，看看原文

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