qyl 发表于 2024-7-4 22:21 给清楚定义，没什么可质疑的，本来都已经成为了gromacs的一个功能 |
sobereva 发表于 2024-7-3 20:17 老师，现在文章的径向分布函数一般都是常规的，我把这个非常规的径向分布函数放到文章里，会被质疑吗？ |
qyl 发表于 2024-7-3 11:17 从rdf计算原理上考虑 要明白rdf是所有被考虑的原子对的平均，想清楚当前都总共计算了哪些、多少原子对，自然就能理解结果为什么是这样 |
sobereva 发表于 2024-7-2 21:34 老师，按照rdf的一般定义，一定球层内的数密度与其平均数密度的比值，最后趋近于1，按照一般定义来统计体现不出来第一溶剂层的峰，是因为插入的二聚体分子数量太少，球层内增加的水分子的密度与其平均数密度相比增加不大，所以体现不出来第一溶剂层的峰，这样理解对吗？ |
本帖最后由 qyl 于 2024-7-3 10:50 编辑 sobereva 发表于 2024-7-2 21:34 老师，对于一般rdf定义，一般都会收敛于1，我的初始盒子插入了20个二聚体分子，根据一般rdf定义球层内的数密度与其平均数密度的比值，应该也可以体现出第一溶剂层的峰吧？体现不出来第一溶剂层的峰，是因为插入的二聚体分子数量太少，配位层数量增加不多，相对于平均数密度，还是体现不出来。这样理解对吗？ |
qyl 发表于 2024-7-2 20:09 -surf mol时本来就该是这样，和一般rdf定义不同 参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt： 
当前0.2、0.3左右有峰，已经体现出配位层的存在了 |
| 加上-surf |
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