sobereva 发表于 2024-7-2 19:58
自己写VMD tcl脚本就行了，循环每一帧，参考下面北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.c ...

sob老师，您好，我尝试着按照论坛的一些资料写了一个tcl脚本，但是发现算出来的某一帧都是当前帧的数据，可能是我没有设置循环的原因，但是我实在是不太会，希望老师可以更正一下，多谢

1. set sel [atomselect top all]
   
2. for {set i 0} {$i<300} {incr i} {
   
3. $sel frame $i
   
4. $sel update
   
5. puts "Frame: $i   numbonds: [expr ([join [[atomselect top all] get numbonds] +])/2]"
   
6. }

复制代码

自己写VMD tcl脚本就行了，循环每一帧，参考下面北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的做法计算键数。记得每一帧需要重新判断成键关系，参考《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》（http://sobereva.com/534）