KCM@SHU 发表于 2024-10-9 10:44 哈哈哈，如果它真是对的就好了，多么省事  |
李海恩 发表于 2024-10-8 15:41 我也是，但是我看有的文章里面用-0.05优化的时候有生成自由基了，反正只要优化成功了没啥其他大问题你就说他生成自由基了呀 |
KCM@SHU 发表于 2024-10-4 13:36 再次谢谢lz！我用的是默认的EDIFFG = -2E-02，我再调调构型看看 |
李海恩 发表于 2024-10-4 12:51 分子散了好像大概率是势能选取不当，但是也不排除是生成自由基了，不过这种情况好像很少，你先看看力收敛了没，也有可能初始构型有问题，我之前也出现过这种情况，但是力一直打不到收敛标准，我也不想把力的收敛调高，就没用那个，我记得vasp好像结构优化不太智能，要多次调整构型，你可以每个氧和金属结合都算一下看看那个结合方式最佳 |
KCM@SHU 发表于 2024-9-29 15:05 谢谢lz回复我！不过最近跑的PMS吸附，O-OH键优化完以后被拉得很长，岂不是说明PMS在这个单原子催化剂上直接变成·OH了？。。 |
乐平 发表于 2024-9-29 11:47 好的，谢谢老师 |
李海恩 发表于 2024-9-29 11:30 优化成功那应该没啥问题呀，我做的也是单原子催化剂优化完催化金属和那个氧的距离在1.99左右，我觉得你这个应该是正常的 |
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VESTA 里只显示晶胞内的原子可以按我之前回答的内容反过来操作 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 70&fromuid=1532 选择 Do Not Search atoms beyond the boundary，就不会显示晶胞外的原子了。 很多软件都能打开 POSCAR（例如 VMD） 用 VMD 打开 POSCAR （CONTCAR, XDATCAR）可以看我之前的回答 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 65&fromuid=1532 另外 OVITO 也可以直接打开 POSCAR, CONTCAR |
本帖最后由 李海恩 于 2024-9-29 11:36 编辑 KCM@SHU 发表于 2024-9-29 10:32 （我用VASPKIT生成的输入文件，那些都是他自带的） 催化剂是Mo单原子催化剂，切完表面然后进行结构优化成功了的！ 谢谢lz建议，我先算算吸附能！ 
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李海恩 发表于 2024-9-29 09:41 你用的啥催化剂？结构优化有成功吗？有没有可能他距离就是比你设置的初始距离要远一点？你可以看看吸附能是不是负的，我也是新手可以互相交流一下，我感觉你这个INCAR文件设置的参数好多啊，要是都确定你可以再看看POSCAR和POTCAR原子是不是对应的上。我看你POTIM设置的很小原子位置按理应该不会有很大的波动吧 |
KCM@SHU 发表于 2024-9-27 17:28 谢谢lz回复我！是我NELECT写错了！ 能否再请教一下lz吸附的计算过程QAQ， 为啥我按照原子半径算了成键距离以后进行吸附的结构优化， HSO5-还是离催化剂越来越远 。。。。 |
李海恩 发表于 2024-9-22 11:37 啥叫不会输出？有报错信息嘛？ |
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lz你好，可以借楼问一下HSO5-是如何优化的吗QAQ 为什么我用VASP就一直不输出呢
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| Edit -> Bonds 里面看一下成键和显示的参数 |
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