跑蛋白模拟时，产生相模拟时中途停止

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发布时间: 2024-7-8 09:35

各位老师好，在跑蛋白模拟时，能量极小化无法收敛到100，进行限制性动力学，在跑了9500步时中停止，请问是什么问题呢？

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chenchen1 发表于 Post on 2024-7-9 14:56:51

sobereva 发表于 2024-7-8 23:26
老生常谈的问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查

谢谢老师解答，已经找到问题了

sobereva 发表于 Post on 2024-7-8 23:26:42

老生常谈的问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查

低调的板凳 发表于 Post on 2024-7-8 10:25:48

这种就是跑崩溃了，请仔仔细细检查em输出和输入文件是不是什么地方结构有问题，如果结构没有明显问题，考虑修改em的integrator，把em跑收敛先。（个人遇到的这种报错，80%以上都是结构文件有问题）

如果结构上怎么都找不到问题，em就是跑不收敛，改pr的mdp文件降低步长再尝试。

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