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发布时间: 2024-7-9 10:42
正文摘要:本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 12:02 编辑 体系：蛋白-配体（有机小分子）体系，140个原子。分析体系的弱相互作用 团簇结构：配 ... |
本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 19:56 编辑 cokie 发表于 2024-7-9 19:03 好的，谢谢老师 加氢后，原pdb文件里alpha碳的pdb名字由CA变成了CB，那我相应后续的冻结就冻结CB原子吗？ 把加氢饱和后的结构再保存成gjf文件后，进行后面的结构优化，对吗？ |
ngaoo 发表于 2024-7-9 14:06 边界就是你为了抠出一个团簇，而截断的C-C键上的原子 |
本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 14:10 编辑 cokie 发表于 2024-7-9 12:31 老师，sob老师博文中 提到的边界的原子可以理解成截断处的骨架alpha碳原子，所以我只要把我的体系里面的未饱和的c原子冻结并让他加氢饱和就可以进行后面的优化了，对吧？ 那刚才您提到的边界的原子冻结，学生具体不知道需要冻结哪些边界上的原子 |
ngaoo 发表于 2024-7-9 12:23 597里有提到，“饱和并冻结alpha碳”，饱和就是这个C是sp几杂化的，你就按sp几来饱和，如果sp3杂化的碳上面已经连了4根键，你当然不需要再一次用H饱和它。 在597里所提到的alpha碳，就是指和骨架相连的被截断的C，所以你就只冻结alpha碳就行，其他都不需要冻结直接优化。 |
cokie 发表于 2024-7-9 12:05 在我选中的团簇中，所有的alpha碳都要加上氢进行饱和吗？已经饱和的alpha碳需要加氢吗？同时所有的alpha碳都要进行冻结吗（博文里提到了截断处的alpha碳要冻结并加氢）？麻烦老师解答下，谢谢老师 |
cokie 发表于 2024-7-9 12:05 老师，我现在的问题是不知道具体哪几个原子会与有机小分子作用，那这个时候我应该怎么冻结哪些原子 |
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本帖最后由 cokie 于 2024-7-9 12:32 编辑 边界当然要冻结，你可以近似理解为优化过程中你的蛋白残基/边界几乎是不会动的，或者说你可以不冻结明确和你有机小分子有相互作用的几个原子，其他的边界原子都冻结。你用这个限制性优化的方法做就行（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html） 加氢的话，以C原子为例，Gview里在“element fragment”的界面中，选C（SP3杂化的那种），选中后，找你要饱和的C原子，点一下，H自然就加上去了。 3.1 就是没收敛呗，方法不用变，你饱和+冻结之后就没啥问题了。 3.2 gaussian里不能直接用ωB97M-V这个泛函（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 75&page=1#pid227815），优化没必要加弥散函数，另外em=gd3bj不是每个泛函都能用，所以3.2这个方法就别再试了。之前sob老师也给了一篇博文，大概是B3LYP-D3适合优化弱相互作用体系，你可以在公社里找找，你就用3.1的泛函+基组+限制性优化就可以了。 （在编辑的过程中，看到你改了3.2用的方法，并加上了报错内容：这次报错是因为M06-2X这个泛函只支持0阻尼，也就是你不能加BJ阻尼，写EM=GD3就行） |
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