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使用Gaussian16和sobEDA计算蛋白配体复合物中配体与特定氨基酸的相互作用能及能量分解

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发布时间: 2024-7-9 13:03

正文摘要:

本帖最后由 葱葱cong 于 2024-7-9 13:30 编辑 各位老师好,最近在学习使用sobEDA和sobEDAw对相互作用进行能量分解,有几处疑问想请教一下,我在对配体小分子与蛋白进行对接形成蛋白配体复合物后,想单独计算配体 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-7-9 14:21:02
就抠出蛋白质那么点区域稍微有点小,如果旁边还有其它残基与配体的作用不可忽视,最好再多保留一些。不用太吝啬原子,一般的双路服务器用sobEDAw对200以上原子做能量分解都没问题。

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