wxyhgk 发表于 2024-7-14 21:31
输入文件：

谢谢大佬。这几天没法评论，顺带尝试了一些体系，基本上只要合理地冻结原子距离就能够计算出结果。

1. 
   

复制代码

输入文件：

1. %Cpu=0-47
   
2. %Mem=60GB
   
3. %Chk=NO2_rotor.chk
   
4. #P Opt=(modredundant,GIC) Nosymm m062X/6-311+G(2df,2p)
   
5. 
   
6. Title Card Required
   
7. 
   
8. 0 2
   
9. C                 -0.46328500    1.37649800    0.30513300
   
10. O                 -1.19066600    0.73764400   -0.67273400
    
11. C                 -1.77512000   -0.44053200   -0.33918800
    
12. O                 -1.78819500   -0.90673200    0.75199800
    
13. H                 -0.37261600    2.43188200    0.07244300
    
14. H                 -0.74829100    1.11702000    1.32010800
    
15. H                  0.81126600    0.98527300    0.23538200
    
16. H                 -2.23663900   -0.87304900   -1.23042200
    
17. N                  2.11137100   -0.55984600   -0.07847500
    
18. O                  2.00761800    0.69680100    0.15909100
    
19. O                  1.12088200   -1.19746300   -0.19383700  
    
20. 
    
21. DihScan(StepSize=-10.0,NSteps=5) = D(2,1,10,9)
    
22. Dist1(freeze)=R(1,7)
    
23. Dist2(freeze)=R(1,10)
    
24. dihedral(freeze)=D(1,2,3,4)
    
25. 
    
26. 
    

复制代码

使用 dihedral(freeze)=D(1,2,3,4) 部分固定一下这部分键角，防止 4 号 O 乱跑

输出文件
https://www.123pan.com/s/U8JrVv-vkVEH.html

1. %Cpu=0-47

复制代码

似乎可以了，全部固定一下

使用 dihedral(freeze)=D(1,2,3,4) 部分固定一下这部分键角，防止 4 号 O 乱跑

输出文件
https://www.123pan.com/s/U8JrVv-vkVEH.html

400__LUX 发表于 2024-7-14 18:42
谢谢大佬。从您输入来看，如果想扫描还是要以固定过渡态这边原子距离为主。我再多试几个体系 ...

你可以这么做：固定三个原子的距离和三个原子的键角，柔性扫描过程中可能键角会发生改变，这样就会导致散开

wxyhgk 发表于 2024-7-14 14:51
ok，算了两个小时左右搞出来。

计算版本和平台

谢谢大佬。从您输入来看，如果想扫描还是要以固定过渡态这边原子距离为主。我再多试几个体系看看有没有类似问题。

ok，算了两个小时左右搞出来。

计算版本和平台

1. 系统：Ubuntu 20.04
   
2. Gaussian 版本：G16 C.01
   
3. CPU: AMD 5950x
   

复制代码

输入文件

1. %Cpu=0-15
   
2. %Mem=54GB
   
3. %Chk=NO2_rotor.chk
   
4. #P Opt=(modredundant,GIC) Nosymm m062X/6-311+G(2df,2p)
   
5. 
   
6. Title Card Required
   
7. 
   
8. 0 2
   
9. C                 -0.46328500    1.37649800    0.30513300
   
10. O                 -1.19066600    0.73764400   -0.67273400
    
11. C                 -1.77512000   -0.44053200   -0.33918800
    
12. O                 -1.78819500   -0.90673200    0.75199800
    
13. H                 -0.37261600    2.43188200    0.07244300
    
14. H                 -0.74829100    1.11702000    1.32010800
    
15. H                  0.81126600    0.98527300    0.23538200
    
16. H                 -2.23663900   -0.87304900   -1.23042200
    
17. N                  2.11137100   -0.55984600   -0.07847500
    
18. O                  2.00761800    0.69680100    0.15909100
    
19. O                  1.12088200   -1.19746300   -0.19383700  
    
20. 
    
21. DihScan(StepSize=10.0,NSteps=36) = D(2,1,10,9)
    
22. Dist1(freeze)=R(1,7)
    
23. Dist2(freeze)=R(1,10)
    
24. 
    
25. 
    

复制代码

从第30步左右报错，成键了感觉，后续看看怎么处理

从第 29 步看

再往下转 10 度，就会遇到强烈的位阻，使 C1-H7-C10 这三个只能散开，解决办法也有，就是在转的过程中同时拉开这三个原子的角度

但是如果这样可能就会发生能量上比较大的差异了

输出文件

https://www.123pan.com/s/U8JrVv-SEVEH.html

wxyhgk 发表于 2024-7-13 10:06
直接把结构和需求给我我帮你找

好的，谢谢大佬，结构是文献中给的过渡态，如下文件所示。目的和需求是扫描这个过渡态中NO2的内转动来考虑低频受阻转子对速率的影响。故扫描的2-1-10-9这个二面角，步长为10，为了防止扫描过程中H和两边分子片段结合成产物/反应物，固定了与过渡态相关的原子，这个文件给的是固定1,7和10号原子。后续我自己也尝试了另一个类似体系的固定间距方法和分别做限制性优化的方法，发现分别做限制性优化更符合（扫描开始和扫描最后结构基本相同，能量差在10^-4级别）。
NO2_rotor.gjf (852 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)

2024-7-14 11:05 上传 Uploaded

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直接把结构和需求给我我帮你找

sobereva 发表于 2024-7-12 15:07
我不十分清楚你的需求，以实测为准

好的，谢谢老师，我在验证一下。

400__LUX 发表于 2024-7-12 09:47
谢谢sob老师，我昨晚尝试了不固定1 7 10原子，而是固定1和7,10和7的距离，发现可以完成扫描，在扫描的过 ...

我不十分清楚你的需求，以实测为准

sobereva 发表于 2024-7-11 23:22
手动做一次次的限制性优化

谢谢sob老师，我昨晚尝试了不固定1 7 10原子，而是固定1和7,10和7的距离，发现可以完成扫描，在扫描的过程中C1和O10会围绕H7转，NO2的O11和H6比较接近会拉长C1-H6键长，问一下您这种扫描方式是可行的吗。后续我想在做几组限制性优化对比一下。

手动做一次次的限制性优化