wxyhgk 发表于 2024-7-26 19:38 感谢回复！ 想方设法也没能解压好（只解压出来单独一个12G的无后缀文件），能麻烦大佬帮忙重新发一个版本的吗  |
syarnold 发表于 2024-7-26 17:50 因为是在mac os 上压缩的，可能有些兼容性问题，不能使用命令行 |
wxyhgk 发表于 2024-7-26 10:21 感谢回复！ 试了好几遍一直都无法unzip，也尝试了jar -xvf但是集群没有安装jar也没连外网装不了。不知道是什么原因 [root@Master software]# unzip G16-C01-AVX.zip Archive: G16-C01-AVX.zip End-of-central-directory signature not found. Either this file is not a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the latter case the central directory and zipfile comment will be found on the last disk(s) of this archive. unzip: cannot find zipfile directory in one of G16-C01-AVX.zip or G16-C01-AVX.zip.zip, and cannot find G16-C01-AVX.zip.ZIP, period. |
syarnold 发表于 2024-7-26 09:59 怀疑是 Gaussian 版本的问题，我这里有 Gaussian16 C.01 的版本，你试试 https://www.123pan.com/s/U8JrVv-HIVEH.html |
wxyhgk 发表于 2024-7-25 22:43 感谢回复！ 不用集群直接sh脚本也是和25#楼同样的报错。 我们这个应该是LSF，不是slurm。我这边一般是用个人用户进行计算，需要修改配置等我也可以登录root用户进行操作。 NFS挂载选项我不太懂，尝试显示了一下您帮忙看下这里有无问题： [root@Master software]# mount -o remount,exec /opt [root@master software]# cat /proc/mounts rootfs / rootfs rw 0 0 sysfs /sys sysfs rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0 proc /proc proc rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0 devtmpfs /dev devtmpfs rw,nosuid,size=65709876k,nr_inodes=16427469,mode=755 0 0 securityfs /sys/kernel/security securityfs rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0 tmpfs /dev/shm tmpfs rw,nosuid,nodev 0 0 devpts /dev/pts devpts rw,nosuid,noexec,relatime,gid=5,mode=620,ptmxmode=000 0 0 tmpfs /run tmpfs rw,nosuid,nodev,mode=755 0 0 tmpfs /sys/fs/cgroup tmpfs ro,nosuid,nodev,noexec,mode=755 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/systemd cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,xattr,release_agent=/usr/lib /systemd/systemd-cgroups-agent,name=systemd 0 0pstore /sys/fs/pstore pstore rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/cpu,cpuacct cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,cpuacct,cpu 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/perf_event cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,perf_event 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/devices cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,devices 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/freezer cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,freezer 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/net_cls,net_prio cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,net_prio,net_cls 0 0cgroup /sys/fs/cgroup/hugetlb cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,hugetlb 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/memory cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,memory 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/pids cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,pids 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/blkio cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,blkio 0 0 cgroup /sys/fs/cgroup/cpuset cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,cpuset 0 0 configfs /sys/kernel/config configfs rw,relatime 0 0 /dev/mapper/centos_master-root / xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0 systemd-1 /proc/sys/fs/binfmt_misc autofs rw,relatime,fd=32,pgrp=1,timeout=0,minproto=5,maxproto= 5,direct,pipe_ino=24308 0 0mqueue /dev/mqueue mqueue rw,relatime 0 0 hugetlbfs /dev/hugepages hugetlbfs rw,relatime 0 0 debugfs /sys/kernel/debug debugfs rw,relatime 0 0 nfsd /proc/fs/nfsd nfsd rw,relatime 0 0 /dev/sda2 /boot xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0 /dev/mapper/master1 /home xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0 sunrpc /var/lib/nfs/rpc_pipefs rpc_pipefs rw,relatime 0 0 tmpfs /run/user/1029 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1029,gid=1029 0 0 tmpfs /run/user/0 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700 0 0 tmpfs /var/log/rtlog tmpfs rw,relatime,size=61440k 0 0 cu01:/opt /opt nfs4 rw,relatime,vers=4.1,rsize=1048576,wsize=1048576,namlen=255,hard,proto=tcp,ti meo=600,retrans=2,sec=sys,clientaddr=192.168.100.1,local_lock=none,addr=192.168.100.11 0 0tmpfs /run/user/1021 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1021,gid=10 0 0 tmpfs /run/user/1023 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1023,gid=1023 0 0 tmpfs /run/user/1020 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1020,gid=1020 0 0 tmpfs /run/user/1010 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1010,gid=1010 0 0 tmpfs /run/user/1007 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1007,gid=1007 0 0 tmpfs /run/user/1030 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1030,gid=1030 0 0 |
先不用集群来，直接用 sh 脚本
如果是 NFS 文件挂载，看看挂载选项
你的 slurm 是什么用户？root 吗还是什么？ |
本帖最后由 乐平 于 2024-7-25 22:18 编辑 syarnold 发表于 2024-7-25 17:52 你看看 g16 目录下的 g16, 以及所有的 *.exe （也就是 l101.exe, l102.exe ..... ）是不是都是 -rwxr-x--- 属性呢？ 你 cd 到 bsd 目录里，看看的 bsd 目录里面的 g16.profile 文件是不是 -rwxr-x--- 属性呢？ |
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-25 17:40 编辑 syarnold 发表于 2024-7-25 17:22
使用 strace 工具跟踪执行过程，查找具体的权限问题
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wxyhgk 发表于 2024-7-25 16:41 感谢回复！ [root@Master software]# setenforce 0 setenforce: SELinux is disabled 之后尝试提交.sh脚本依旧提示：permission denied /home/suiyi/.lsbatch/1721899048.27065.shell: line 21: /home/software/g16/bsd/g16.profile: Permission denied 哦对，有个点之前没有讲，通过个人账户直接g16 <xxx.gjf是可以提交运行的，但是提交.sh脚本就会提示权限不足 下面是脚本文件： #!/bin/sh # embedded options to bsub - start with #LSF # -- our name --- #BSUB -J 2molecules-2-1 # -- choose queue -- #BSUB -q normal ### -- specify that we need 2GB of memory per core/slot -- #BSUB -R "rusage[mem=40GB]" # -- parallel environment requests -- #BSUB -n 20 ### -- specify that the cores MUST BE on a single host! It's a SMP job! -- #BSUB -R "span[hosts=1]" ### -- Specify the output and error file. %J is the job-id -- ### -- -o and -e mean append, -oo and -eo mean overwrite -- #BSUB -o Output_%J.out #BSUB -e Error_%J.err # -- end of LSF options -- # -- setup of the gaussian 16 environment -- export g16root=/home/software export GAUSS_SCRDIR=/home/$USER/scratch source /home/software/g16/bsd/g16.profile export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge # -- commands you want to execute -- # EXEC_CMD="/home/software/g16" INPUTFILE=2molecules-2-1.gjf ###g16 <2molecules-2-1.gjf> 2molecules-2-1.log |
本帖最后由 乐平 于 2024-7-25 17:26 编辑 syarnold 发表于 2024-7-25 16:14 从你的图10 可以看到 /home/software/g16 的组是 root …… 你的用户组没有设置对…… 下面是你帖子的截图 
下一个是我集群的截图
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syarnold 发表于 2024-7-25 16:14 先试试这个命令
然后运行 g16 看看是不是这个问题 |
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