计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：gromacs，模拟的密度与分子真实密度相差较大

求助：gromacs，模拟的密度与分子真实密度相差较大

查看数: 1153 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

luodandan

发布时间: 2024-7-24 18:41

正文摘要:

各位老师好！我用gromacs模拟喹啉分子的密度，喹啉的真实密度为1095kg/cm3。经过能量极小化，在平衡1000ps，看喹啉的密度为1063kg/cm3, 最后在1000ps下计算产生相, 结果密度为1006kg/cm3。误差太大，这是什么原因 ...

回复 Reply

dzdhp 发表于 Post on 2024-7-25 15:47:10

luodandan 发表于 2024-7-25 10:31
不好意思各位老师，下次一定注意。
我用的AMBER力场，模拟细节如下：
构建了5*5*5nm的盒子，放了424个喹 ...

产生top前是否对分子结构进行优化并计算电荷；此外是否有体系检查温度压力的状态，不是说你走个平衡的流程就是真的平衡；我记得sob老师讲3x3x3的水盒子时都跑了1ns，你这个5x5x5的盒子只跑1ns貌似短了点；最后你的截断距离咋1.6，是有什么讲究吗，求教.

sobereva 发表于 Post on 2024-7-24 21:31:01

什么模拟细节都没有，属于让别人算命
你写文章的时候computational details怎么写的，提问时就怎么交代细节，仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

pal 发表于 Post on 2024-7-24 20:59:28

得说明力场来源，然后这密度都超过1t/cm3

student0618 发表于 Post on 2024-7-24 19:13:35

本帖最后由 student0618 于 2024-7-24 19:57 编辑

Which forcefield you are using? Check the 3D structure of your molecule? What's your system configuration? And the pressure?

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register