Oliviaw 发表于 2024-8-8 20:11 RDG的函数分布特征和delta_g_inter截然不同，所以对IGMH等值面用Multiwfn的域分析功能进行积分，必须相应地修改域的定义。要设成大于特定阈值（对应作IGMH图用的等值面数值）而不是像RDG那样小于特定阈值 |
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-8-8 20:44 编辑 sobereva 发表于 2024-8-4 07:32 准备对IGMH积分，设置了91，而且follow了手册关于91的设置，接下来按4.200.14.1做，调整了real space function 为user defined。然后设置extension distance为0，仍然跑不动。 请问设置合适的盒子是说adjust extension distance吗？RDG domain <0.5是不是也要调大呢？ |
Oliviaw 发表于 2024-8-2 22:19 恰当设置盒子范围，使得格点只分布在感兴趣的区域，免得浪费计算耗时且产生不需要的domain 对IGMH，Multiwfn照样可以做其等值面内的积分。delta_g-inter对应用户自定义函数函数91号，看Multiwfn手册2.7节的相应部分 |
beefly 发表于 2024-8-1 18:12 我还以为是多么高深的指标呢，这推了跟没推一样。 |
sobereva 发表于 2024-8-1 01:28 我试了RDG等值面积分，得到的每个domain很小，而且分散，看不出是大面积的pi相互作用。我用的medium grid跑了一天，因为看high grid跑不动。速度上不知道是不是因为RDG没有分片段的原因，而且是基于波函数文件的计算才会这样？我跑IGMH和IGM对比起来一下子跑完了。但是IGMH和IGM没法做等值面积分，真可惜。 |
Oliviaw 发表于 2024-7-25 17:50 |V(BCP)|/G(BCP)是一些不懂装懂的人瞎搞出来的指标，实际上就是能量密度指标换个形式而已。 早在1984年，Cremer、Kraka就建议用临界点的能量密度H(BCP) = G(BCP) + V(BCP) < 0做为共价作用的判据（https://s3.smu.edu/dedman/catco/ ... er55Croatia1984.pdf）。由于G(BCP) > 0 且 V(BCP) < 0，于是从 H(BCP) < 0 就可以得到 |V(BCP)|/G(BCP) > 1。 |
Oliviaw 发表于 2024-7-31 17:44 IBSI意义不大，物理意义不清楚，经验性太强，我不爱谈论那个 没有一刀切的范围 Multiwfn可以对RDG等值面内区域积分特定函数，Multiwfn手册4.200.14.1节有例子，并且参看http://sobereva.com/714综述里的定量分析的部分的讨论。对于delta_g_inter等值面内也可以类似地积分 |
Oliviaw 发表于 2024-7-30 15:35 有相关性，但也不适合明显不同类型的弱相互作用横向对比 |
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-7-30 20:18 编辑 sobereva 发表于 2024-7-29 02:44 请问IBSI可以作为分析片段间的pi相关的相互作用的指标吗？而且IBSI是可以限定片段的，IBSI靠谱吗？ Integrated Δg Values有些文章用这个说明相互作用的大小，您推荐吗？ 这两个数据我都有，但是不确定给出来是不是会被质疑。 |
Oliviaw 发表于 2024-7-27 10:35 相互作用能不考虑片段的变形能，结合能考虑 能用BCP讨论的问题是有限的，诸如IRI原文Chemistry—Methods 2021, 1, 231–239里我就给出了没法靠BCP考察的氢键的例子。对于pi-pi堆积等大面积作用更是严重不适合光用BCP来讨论 |
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-7-27 11:33 编辑 sobereva 发表于 2024-7-26 23:39 相互作用能是结合能吗？还是说EDA，还是说Multiwfn某个功能可以给出来呢？因为主要是想得到指定区域的相互作用能或者强度，而不是总的相互作用，是不是仍然推荐BCP。如果就用pi-pi相互作用的bcp的位置上的数据，选哪个指标好呢？ |
Oliviaw 发表于 2024-7-26 10:56 点-面、面-面区域的相互作用，没有什么方法（除了相互作用能）能令这两类情况之间直接相互对比强度 |
sobereva 发表于 2024-7-26 03:57 讨论pi相关的相互作用（点-面，面-面区域的相互作用），用哪个指标定量的准确性最好？ |
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