对于蛋白配体复合物的模拟，如何生成带有氨基酸残基名的配体gro文件？

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发布时间: 2024-7-25 21:00

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，在使用sobtop后生成配体的gro文件，如图所示，我想将MOL这一列改为对应的氨基酸残基，在后面用于gmxMMPBSA做配体的氨基酸能量分解，请问有什么方法吗？

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12313 发表于 Post on 2024-7-25 21:59:59

sobereva 发表于 2024-7-25 21:47
如果配体是小肽，直接用pdb2gmx，不需要用sobtop。对于其它配体，残基名自己用文本编辑器改

好的，感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-7-25 21:47:27

12313 发表于 2024-7-25 21:28
就是像这样，老师。该图是某受体使用pdb2gmx命令后生成的gro文件截图

如果配体是小肽，直接用pdb2gmx，不需要用sobtop。对于其它配体，残基名自己用文本编辑器改

sobereva 发表于 Post on 2024-7-25 21:20:11

sobtop不是用来生成蛋白质或多肽的拓扑文件的（这种情况应当用pdb2gmx），不知道你说的改为对应的氨基酸残基是什么意思

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