xliu97 发表于 2025-11-21 03:54 不选电荷，用力场自带的电荷 |
slxc920113 发表于 2024-7-26 16:11 请问使用autoff生成ZIF8力场的时候，电荷类型应该如何选择？ |
本帖最后由 slxc920113 于 2024-7-29 11:01 编辑 艾小野 发表于 2024-7-29 00:23 显然悬挂键和本身你的材料合成过程以及当前的化学环境有关的，晶体在宏观状态下是不带电荷的，所以首先需要保证两侧的悬挂键处理完电荷是一致的，比如咪唑的N你用了一个质子来饱和，那么另一侧的Zn你就需要用一个带一个负电荷的阴离子，比如OH来饱和。 你提到的带正电荷或者负电荷的ZIF，必然是需要加表面抗衡离子进行处理的（实际模拟的时候这部分抗衡离子可能扩散到液相，溶液中的分子吸附到表面）这个时候你可以测一下材料的pH辅助你确定表面的状态，因为确实有时候晶体其实不是标准的化学计量比。 比如材料表面的不饱和Zn2+可以用额外的一层中性的单配位的咪唑来饱和（实际咪唑就/Zn就略大于2），另一侧的咪唑阴离子的N直接用质子进行饱和，那么这时候显然Zn2+的电荷没有被补偿，材料是带正电荷的，pH应该呈现酸性，你需要在模拟的时候加入等数目的抗衡阴离子。 反之如果不饱和Zn2+用OH饱和，而咪唑的悬挂N先用Zn进行饱和，然后Zn再用两个OH-和一个水分子进行饱和，那么因为咪唑阴离子的电荷实际没有被补偿，体系就带负电荷了，pH应该是碱性的。 总之你可以根据实验上的pH来判断大概率是哪种悬挂键饱和方式。 |
slxc920113 发表于 2024-7-26 16:11 首先真的非常感谢前辈！感谢您花费个人宝贵时间对我问题进行思考，并给出非常认真和专业的指导意见！ 1、非常感谢您的文献和工具的分享，对我来说意义非常重大！！！AuToFF的学习马上安排上。 2、很感谢您对切晶面的指导，确实我也有看了另一篇文献它是用-H和不同基团（-NH2、-COOH、-OH）饱和悬挂键来分别构建正电、负电、中性的ZIF-8，但我当时对实现饱和不了解，感觉难度很大，然后又看了原帖的文献二，没提及悬挂键这个事，以为这个悬挂键的处理问题不重要，现在听了您的指导意见，确实这块在建模中必须处理。我查查悬挂键饱和的操作资料，先了解一下，或者前辈您有什么经验或建议吗？我这块确实没做深入工作，脑子暂时没法有太多想法。 PS：原帖新加的就是进行了悬挂键饱和的参考文献 |
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AuToFF的MOF模块内置了上面文献的力场ZIF-8（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof)。 另外，你如果研究酶和MOF的相互作用，显然你需要构造一个MOF的表面结构，并不是拿一个完整的晶胞去计算。 一旦切了晶面以后（需要保持配体的完整，不能暴力切），必然会存在悬挂键，比如Zn不是4配位，咪唑的一个N没有配位，这部分悬挂原子的电荷应该无法使用默认的电荷。AuToFF是强行用BCI规则保持电中性。 |
本帖最后由 艾小野 于 2024-7-26 15:45 编辑 Lacrimosa 发表于 2024-7-26 12:09 好的，我再认真学习例9和例10，谢谢您的指导意见！ |
| 没必要计算resp电荷，Sobtop里可以设置电荷和各种成键项的，仔细阅读一下例9和例10 |
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