Oliviaw 发表于 2024-10-26 13:31 没具体文件、在远程没法说。我只能告诉你你的速度绝对不正常 |
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-10-26 13:32 编辑 sobereva 发表于 2024-10-24 12:32 我在环境变量里把下面两个注释掉，同时把核数设为96，就快一点，2分钟跑了1%。总共280个原子，6800个basis functions。 #export OMP_NUM_THREADS=12 #export MKL_NUM_THREADS=12 上面两句是xtb部分添加的设置 |
Oliviaw 发表于 2024-10-23 19:23 分清楚原子数和分子数 如果是319个原子，绘制静电势平面图绝对不会那么慢，除非没恰当并行，或者基组用得过大、大得没必要，或者用的是Multiwfn windows版，或者用的是老的慢版静电势计算代码 例如下面这个体系，400个原子，4840个GTF，用目前Multiwfn的最新版、默认设置，在双路7R32 96核机子上仅仅花了42秒就算完了100*100格点的静电势平面图。在计算方式得当的情况下，再怎么慢也绝对不可能一张图一下午才得到 
Multiwfn从头到尾完整的输出信息在这里供参考： 
out.txt
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再比如此体系704原子，多达15760个GTF，上述计算条件下仅仅356秒就算完了100*100格点的体系截面（Z=6 Bohr的XY平面）的静电势图
所以一下午才得到一张图绝对是使用不当。 VMD 1.9.4非正式版的色彩刻度丰富得多，但没有色彩刻度精确和Multiwfn里的rainbow相同的。 |
Oliviaw 发表于 2024-10-18 22:24 用个CPU像样的机子、确保所有核拿来Multiwfn做并行计算了，通常100*100格点绝对不会算不动。不提供体系的任何信息没法回答你 仔细看此文4.2节关于作图平面的选取 Multiwfn FAQ http://sobereva.com/452 |
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-10-18 22:27 编辑 sobereva 发表于 2024-7-26 22:44 您好，我试了功能4，用100*100 grid算不动，请问Multiwfn有没有其他设置能加快二维平面的ESP的计算？3D的ESP您提供了快速计算的贴子的，我用您贴子的方法算3D的ESP很快。 在2D的ESP计算的时候，我并不知道x, y, z轴的位置，在好不容易尝试出一个截面的计算后，很大可能不是我想要的结果。请问您一般在计算2D的ESP时候是怎么调整截面位置的？ |
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用Multiwfn主功能4轻轻松松。看手册4.4节大把例子 例如碳纳米管截面的ESP图，轻轻松松画出来
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