有沒有在top定义限制配体位置的文件？

你mdp文件里都加了define = -DPOSRES，配体还能飞这么远，说明你结合位点非常不可靠，配体不稳定当然要跑了。且加限制势约束位置，相当于人为施加外力，就无法考察蛋白跟配体是否结合稳定了，所以在平衡加可以，正式跑的时候不能用，另外上传一下top，信息不完整不好判断。