sobereva 发表于 2024-7-27 18:09
我从来不用WeMol，这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个 ...

好的，谢谢sob老师

我从来不用WeMol，这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个恰当的mdp跑就完了，通常没必要用额外的工具，也免得遇到这种麻烦。
顺带一提，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）对于蛋白质（包括单链和多链的）的模拟都有完整的讲解和很具体的例子。如果之前没相关知识的话，学一遍就全明白了

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