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自写自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R package: SCFMonitor

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AzuleneSDSZ

发布时间: 2024-7-27 23:33

正文摘要:

本帖最后由 AzuleneSDSZ 于 2024-7-28 12:00 编辑 SCFMonitor是一个自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R语言包(package). 这个软件包具有以下特性: 1.可以快速读取运行中的高斯日志文件(即提交的gjf文 ...

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明民之中 发表于 Post on 2024-8-3 13:42:06

你好楼主我想问一下这个可以适用于我在服务器上跑castep然后读取scf收敛曲线吗？因为确实提交后台运算无法实时观察scf收敛进程

AzuleneSDSZ 发表于 Post on 2024-7-27 23:35:35

这个包的绘图部分是基于R的tidyverse包的,有一定美观性,不过这也成为了它的劣势,例如需要安装Rstudio才能使用. 况且R在计算化学中很少有人用,更多见于生统或者数据科学领域.
现在正在研究如何封装成可执行的软件,尽可能的减少乱七八糟的依赖.

AzuleneSDSZ 发表于 Post on 2024-7-27 23:35:02

本帖最后由 AzuleneSDSZ 于 2024-9-20 15:04 编辑

下载与详细教程,参见: https://github.com/AzuleneG/SCFMonitor
安装:
首先需要安装R studio 与 R. 这个教程网上一搜一大把,也是多平台适用的.
之后进入R studio界面后,分别输入

install.packages("SCFMonitor")

复制代码

便可安装此包. 每次运行需要输入library(SCFMonitor)去加载这个包
之后按照github上的readme就可以使用了.
如果如果需要详细对于每个函数说明,那么可以采用R读取对每个函数注释的方式,在函数名前面加上?,如输入

?MultipleRoundOptiSCFIntegratedMonitor

复制代码

就可以读取对于多轮几何优化下,观看SCF收敛进程的函数的帮助了.

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