如何在VMD中，调整模拟结果中长方体盒子的长边方向并使其中溶剂分子的显示只处于盒内

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发布时间: 2024-7-29 10:10

本帖最后由 cokie 于 2024-7-29 10:12 编辑各位老师好，我的模拟体系是一个比较“瘦长”的有机分子在水中的堆积情况，现在关于模拟输出结果的绘图有一些问题还望得到各位老师的帮助：我的分子形成的团簇整体 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-7-30 06:10:22

最好模拟的时候就把这个分子设成消转动的组，免得后处理

参与人数 Participants 1	eV +3	收起理由 Reason
cokie	+ 3	记下了，谢谢老师！

乐平 发表于 Post on 2024-7-29 10:42:19

偷懒的方法，建立大于你分子长轴 2 倍的立方体盒子。
比如，假设你的分子最长的两端为 30 A，那么你可以建立 60 x 60 x 60 的盒子。模拟过程中旋转基本上不会跑出去……

参与人数 Participants 2	eV +4	收起理由 Reason
Kiteliberator	+ 2	赞！
cokie	+ 2	看来还是要重跑，听到了我心碎的声音...

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