可尝试使用G09Defaults关键词

那叫泛函不叫函数

仔细看此文
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

G09和G16的差异达不到这份儿上，从其它方面找原因。

Gaussian16 的默认收敛标准比 Gaussian09 的高。
比如 Gaussian16 默认 SCF=tight, 默认 INT=ultrafine。所以，你看似是相同的泛函和基组，但是结果不同，这很正常。