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如何使用VMD构建出不被周期性边界所影响的SIO2膜？

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mtlin

发布时间: 2024-8-2 10:36

正文摘要:

在仿照sob老师的sobtop例子9时：用VMD自带的Extensions - Modeling - Inorganic Builder可以构建二氧化硅晶体结构。本例用的examples\SiO2_3x3x3\SiO2_3x3x3.pdb是通过此工具构造的二氧化硅3*3*3超胞。构建出来的S ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-8-4 08:19:30

参考相关文献看他们用的什么模型。可以用GaussView手动对孔洞进行恰当修剪。另外你这个孔洞也挖得太小了，尺寸很小注定不可能看上去很圆

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