我也觉得不是纯圆也没什么。毕竟不知道后面跑起来也一直操纵着是否合理。
不过说一个trick：可以试试pull code，反应坐标是点到圆心的距离(r），势能形式是平底势，平底势0点是内外圆中间位置到圆心的距离(r0)，平底宽是内外圆间厚度的一半(记为d)。这样会使得r0 - d< r < r0 + d以外的磷脂膜原子受到额外的力，在此范围内则不受额外力。

1.首先感觉B也挺正常的，毕竟纯圆的话 要求有点太高了，不过不清楚你要解决什么问题
2.你可以尝试一下逐步放宽限制，比如首先内层外层都限制，然后中间部分限制降低，然后外面也降低，最后再把内层降低，就是分开跑多次模拟，但是感觉还是会变形