F凌兰 发表于 2016-12-27 09:45
谢谢老师的耐心解答，我还想请教一下，
那我用Gaussian算相互作用能时，是不是也是用复合物结构提取出单 ...

是

sobereva 发表于 2016-12-26 17:41
做密度差图时单体的结构必须直接从优化后的复合物结构中提取出来，而且计算时要用nosymm，不能优化单体， ...

谢谢老师的耐心解答，我还想请教一下，
那我用Gaussian算相互作用能时，是不是也是用复合物结构提取出单体片段直接做单点，
我的能量取值取用电子能，然后就用复合物的电子能减去两个单体片段的电子能？
我之前是对单体分别优化然后做差的，不对单体做优化就忽略了变形影响，是不是？
谢谢！

F凌兰 发表于 2016-12-26 20:34
另外，不好意思，我还想问一下，您是根据我的图示原子不在小圈中心判断出原子坐标不对应吗？
我这个体系 ...

用不用赝势、用不用wfx文件这都无所谓，关键是你复合物的结构和单体必须完全对应，而且用的是相同的基组和理论方法，只要满足这些，你绘制出的密度差图在化学上感兴趣的价层区域就是合理的。

sobereva 发表于 2016-12-23 05:06
你这密度差图明显是错的，波函数文件中原子坐标不对应

设定作图平面那一步先选0:Set extension distance ...

另外，不好意思，我还想问一下，您是根据我的图示原子不在小圈中心判断出原子坐标不对应吗？
我这个体系IFHF用了赝势，计算电子密度差时，看之前的帖子有分析说用了赝势内层电子信息不全应补全，
办法就是在Gaussian中优化结构的同时生成.wfx文件（内含内层电子密度信息）
然后根据手册5.7的示例补全电子信息，然后去做密度差。
不过，我突然想起来对于复合物我可以依照以上做法补全电子信息，但对于分子片段IF我就直接拿来做差了，
没有补全IF的电子密度信息。
那我是不是应该在减各片段的电子密度时同时减去相应片段赝势掉了的内层电子密度信息？
谢谢指教！

F凌兰 发表于 2016-12-26 17:13
请问老师，我的密度差图原子坐标不对应，是不是因为我做差时所减的片段是独立分子优化得到的，而不是从复 ...

做密度差图时单体的结构必须直接从优化后的复合物结构中提取出来，而且计算时要用nosymm，不能优化单体，否则肯定不对应。

sobereva 发表于 2016-12-23 05:06
你这密度差图明显是错的，波函数文件中原子坐标不对应

设定作图平面那一步先选0:Set extension distance ...

请问老师，我的密度差图原子坐标不对应，是不是因为我做差时所减的片段是独立分子优化得到的，而不是从复合物中分片段优化所致？
或者是因为用了赝势，内层电子密度信息不全？
还望多多指教，谢谢！

你这密度差图明显是错的，波函数文件中原子坐标不对应

设定作图平面那一步先选0:Set extension distance for plane type 1~5, 把默认的4.5Bohr改成大一些的数值