CP2K跑出来的pdb轨迹文件能否在GROMACS里进行后分析处理

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发布时间: 2024-8-22 10:14

是这样的，我的老师让我学GROMACS，然后交给我了一个他用cp2k跑出来的pdb轨迹文件，让我用GROMACS做一些分析，具体这个轨迹文件是络合物SnFOH3在溶剂中的轨迹，那我假如说想得到Sn-F间距离随时间的变化关系，那么只 ...

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ZQing 发表于 Post on 2024-8-23 10:48:40

sob老师，那用GROMACS里的distance语句的话，怎么把想测量的两个原子表示出来呢
我看到手册上有两个命令-selrpos和-seltype ，这两个命令怎么用呢，或者是用-select命令吗，那select又怎么用呢

sobereva 发表于 Post on 2024-8-23 09:07:10

ZQing 发表于 2024-8-22 15:24
好的，谢谢sob老师，那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗？

可以
用VMD省事得多

ZQing 发表于 Post on 2024-8-22 15:24:21

sobereva 发表于 2024-8-22 10:29
把pdb轨迹文件载入VMD，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_co ...

好的，谢谢sob老师，那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗？

sobereva 发表于 Post on 2024-8-22 10:29:02

把pdb轨迹文件载入VMD，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）讲VMD的这页ppt得到特定的原子间距离随时间的变化

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