计算小分子在蛋白质大体系里的结构、频率、激发态等，该使用什么方法？

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wal

发布时间: 2024-8-22 19:10

手头有个课题，是用一个小分子荧光探针来检测人血清白蛋白(HSA)。小分子在溶液中的荧光猝灭机理已经有前人研究过，比较明朗。现在问题是，想要通过计算表现出该小分子为什么在HSA内发生了荧光开启的话，可能需要做分 ...

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wal 发表于 Post on 2024-8-31 23:13:22

sobereva 发表于 2024-8-27 05:04
可以
也可以低层用半经验级别的方法节约时间

老师，我用oniom(b3lyp:PM6)优化出来了一个结构，想问下这种QM:semi计算的有办法单独看b3lyp算的H层的轨道吗？我搜到的帖子都是问的QM:MM，参考帖子里的信息用formchk -HS试图单独提取H层，看到输出的fchk文件里面还是混进了L层的信息

wal 发表于 Post on 2024-8-27 12:36:47

sobereva 发表于 2024-8-27 05:04
可以
也可以低层用半经验级别的方法节约时间

好嘞！谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-8-27 05:04:51

wal 发表于 2024-8-26 17:44
老师我今天试着跑了ONIOM，但是我的小分子带硼，Amber那个参数死活搞不定，也找不到什么看得懂的资料:diz ...

可以
也可以低层用半经验级别的方法节约时间

wal 发表于 Post on 2024-8-26 17:44:44

sobereva 发表于 2024-8-24 06:26
可以接受
但用簇模型做电子激发计算时没法确保只有配体分子被激发，还可能出现配体-蛋白质间的电荷转移 ...

老师我今天试着跑了ONIOM，但是我的小分子带硼，Amber那个参数死活搞不定，也找不到什么看得懂的资料

如果用簇模型截取一段蛋白质再用ONIOM，然后两层全用QM处理这样可行吗

sobereva 发表于 Post on 2024-8-24 06:26:19

wal 发表于 2024-8-23 22:23
谢谢社长。也就是说簇模型引入的误差是不太能接受，不能拿去发文章的是吗？

可以接受
但用簇模型做电子激发计算时没法确保只有配体分子被激发，还可能出现配体-蛋白质间的电荷转移激发、蛋白质部分的激发等情况，到时候还得找对应配体的局域激发，可能要计算的态数多得多，耗时明显更高，而且本来此时QM方式描述配体周围的残基而且还是要做激发态opt freq就已经令耗时很高了。

wal 发表于 Post on 2024-8-23 22:24:29

Loading0760 发表于 2024-8-23 11:23
我也遇到了类似问题,这个课题跟我的真像啊!

哈哈有空交流下

wal 发表于 Post on 2024-8-23 22:23:07

sobereva 发表于 2024-8-23 09:25
可以ONIOM(QM:MM)算

谢谢社长。也就是说簇模型引入的误差是不太能接受，不能拿去发文章的是吗？

Loading0760 发表于 Post on 2024-8-23 11:23:51

我也遇到了类似问题,这个课题跟我的真像啊!

sobereva 发表于 Post on 2024-8-23 09:25:12

可以ONIOM(QM:MM)算

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