求助：Gromacs伞形采样计算PMF直方图很奇怪

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发布时间: 2024-8-27 09:42

本帖最后由含光君于 2024-8-27 09:44 编辑各位老师好，我最近进行一个单分子跨膜动力学过程的模拟，使用pull命令得到了分子移动4nm的轨迹，从轨迹中每隔0.1nm选取一个窗口，共计39个窗口进行伞形采样。每个 ...

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Zz123456@ 发表于 Post on 2024-11-15 13:15:30

含光君发表于 2024-11-14 09:25
我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

好的，感谢您的解答

含光君 发表于 Post on 2024-11-14 09:25:46

Zz123456@ 发表于 2024-11-13 16:35
好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越 ...

我觉得如果只是噪声幅度的波动的话，应该就没问题

Zz123456@ 发表于 Post on 2024-11-13 16:35:09

含光君发表于 2024-11-12 22:03
完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

好的，感谢大佬，我还想请教您一个问题，做PMF前拉轨迹的时候，随着时间增加，设定两原子的距离应该是越来越小，但偶尔出现距离增加，但整体趋势时距离越来越小的，这样的轨迹计算PMF合理吗？
麻烦帮忙解答一下，感谢感谢

含光君 发表于 Post on 2024-11-12 22:03:52

Zz123456@ 发表于 2024-11-11 23:08
您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您 ...

完全如2楼所说，能量图有大的跳跃是采样不充分所致

Zz123456@ 发表于 Post on 2024-11-11 23:08:11

您好，麻烦请问一下，后面解决后，能量图那样合理吗，我现在也遇到了同样的问题，能量曲线和您的一样，和您做的一样的体系

含光君 发表于 Post on 2024-8-28 13:48:49

七尺贱发表于 2024-8-28 11:48
**** 本内容被作者隐藏 ****

搜到别人写了个脚本，可以参考一下。脚本被作者插在教程文中链接里了。

http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/05_pull.html

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七尺贱	+ 5	赞！

七尺贱 发表于 Post on 2024-8-28 11:48:16

含光君发表于 2024-8-28 09:30
哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

含光君 发表于 Post on 2024-8-28 09:30:43

丁越发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

含光君 发表于 Post on 2024-8-28 09:30:32

丁越发表于 2024-8-28 08:58
profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是 ...

哦哦确实！全都解决了，谢谢大佬！

丁越 发表于 Post on 2024-8-28 08:58:41

profile.xvg中反应坐标靠近0处的补点再跑就行，明显是采样不充分导致的

hist.xvg显示只有一个直方图那是你qtgrace用法不对，多列数据显示应当加上-nxy，即qtgrace -nxy hist.xvg

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含光君	+ 5	谢谢

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