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限制蛋白的位置,在进行NVT时报错,提示原子索引超出范围,我应该怎么解决?

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发布时间: 2024-8-25 20:57

正文摘要:

如题,我在进行NVT平衡的时候,出现错误说position_restraints 中的原子索引 (919) 超出范围 (1-5),我应该怎么解决呢?我的蛋白质是胶原,是三条链螺旋组成一条长链,我需要固定3条链的两端的α-C。因为限制的步骤 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-8-26 03:03:45
每个[ position_restraints ]是对离它最近的前面的[ moleculetype ]定义的分子类型生效的,因此里面牵扯的原子序号范围也只能是那个[ moleculetype ]里的(如每个这种分子有5个原子,自然对它做的位置限制不能有大于5的原子序号)。基于这一点仔细检查。

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