求助：VMD统计径向分布函数纵坐标小于1

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发布时间: 2024-8-26 17:22

求助：VMD只能统计正交晶格的径向分布函数吗？所使用的晶胞如图1，我使用vaspkit直接统计g(r)，如图2，纵坐标数值正常，但是横坐标的0到2附近断开了数值。将xyz结构拖进VMD中分析发现纵坐标都是0.0几，如图3，这是因 ...

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Peterpan 发表于 Post on 2026-5-8 19:28:19

你好，请问问题解决了吗，我也出现了这种情况，晶胞跟你很像，纵坐标也都是0.0几，是非正交晶胞只能用gromacs来算rdf吗

Eudaimonia 发表于 Post on 2025-8-11 15:06:26

本帖最后由 Eudaimonia 于 2025-8-11 15:20 编辑

请问一下如何修改gmx计算rdf的范围和间隔呢？

已解决
-rmax 距离

西红柿炒番茄13 发表于 Post on 2025-2-13 17:40:54

你好，我想问下vaspkit算RDF的指令是什么啊，新手初学还没找到，求指导

CHENLY 发表于 Post on 2024-8-27 10:00:21

sobereva 发表于 2024-8-27 05:22
可以借用gromacs的gmx rdf计算非正交晶胞的rdf

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci. ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-8-27 05:22:28

可以借用gromacs的gmx rdf计算非正交晶胞的rdf

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）课上我专门讲了

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