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这个二面角应该怎么拟合?

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发布时间: 2024-8-27 12:36

正文摘要:

前辈们好! 最近在用GROMACS做一个小分子修饰的蛋白的模拟。 涉及到一个二面角,我根据卢老师之前解答别人做二面角参数化的方法, 先做了二面角扫描,得到了如下结果: 现在我的疑惑是,这应该是个周期性二 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-8-28 09:16:14
力场用的二面角形式是什么样,在原文里都有说明,用相应的函数形式拟合里面的参数。一篇原文里没有的话再找同系列力场的另外的原文
另外注意,即便两个力场用的函数形式是一样的,由于1-4作用的考虑方式、范德华参数和原子电荷的不同,拟合出来的参数也会有差异。

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