对分子对接后的复合物进行动力学模拟不能识别导出的pdb文件

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发布时间: 2024-8-31 09:47

我通过MOE软件对蛋白质和小分子肽进行了分子对接处理并将最优结果导出为pdb格式，想利用GROMACS分析对接后蛋白-肽复合物的动力学模拟。已经手动将复合物pdb文件里面的*改为配体的名字knt 请问对于这个pdb文件 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-9-2 08:50:00

pdb里的残基名和原子名必须和力场目录下的rtp文件里的相对应，不对应就自己改

Huschein 发表于 Post on 2024-9-2 05:18:56

sobtop来产生ligand的gro和top

student0618 发表于 Post on 2024-8-31 20:40:17

根据力场对NME修改pdb对应原子名

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