一方面由于力场本身精度很有限，另一方面由于热运动导致一些原子间瞬时的近距离接触，算出来相互作用能为正是很正常的情况，所以应当按照楼上说的先优化。另外，对于算结合能而非相互作用能的情况，每个单体也应当优化
记得给出数值时主动带上单位。

对于考察溶剂环境的情况，还应注意溶剂效应。

你的第二个数值明显算错了，应该是负值。
第三个结构你应该去用orca优化下，可以用这个博文中的方法http://sobereva.com/597，抠出你感兴趣的位置，然后对边界位置进行freeze。 然后在进行单点的计算。