jy1165254033 发表于 2024-9-3 11:38 请问楼主，问题解决了吗，是净电荷设置的问题吗，要怎么设置？最后如何解决SCF不收敛的？ |
sobereva 发表于 2024-9-4 12:02 好的，谢谢社长，我先编译popt版试试 |
艾小野 发表于 2024-9-3 20:04 没具体输入文件没法判断 都当周期性结构计算了，哪还有悬键的事（除非你就是要计算ZIF-8的表面而非体相） 1000原子纯泛函计算对于CP2K来说太简单了，也耗不了什么内存 照下文编译，用popt版，不会有什么问题 CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html） |
sobereva 发表于 2024-9-3 11:33 谢谢sob老师，没想到可以得到sob老师的回复。其实我之前也得到了社长老师的电荷选取指点。实操是，Material Studio 构建了3层ZIF-8结构（848个原子，氢原子饱和悬挂键），再用Multiwfn生成cp2k的输入文件来算ZIF周期的REPEAT电荷，但是cp2k运行后报错a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted. 看了公社内其他社员帖子说是内存泄漏，需要换另一个版本的MPI。但我还是怀疑应该是我算的原子太多，我看了楼主帖子是只用了四元环来算，所以想请教对于算周期性结构电荷来说，用的结构层数并不会存在很大影响吗？烦请各位前辈不吝赐教。 |
sobereva 发表于 2024-9-3 11:35 感谢sob老师！蹲到回复了哈哈哈~我再去学习一下  |
jy1165254033 发表于 2024-9-2 11:20 就是常规的SCF不收敛，看下文 解决SCF不收敛问题的方法 http://sobereva.com/61 带单电子情况和带的净电荷完全是两码事。严重怀疑你的整体的净电荷设的不对 |
| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 4 | 谢谢 |
艾小野 发表于 2024-9-2 21:50 如果目的是做分子动力学模拟，推荐算REPEAT电荷，看下文的介绍，下文给了产生相应文件的例子 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html） 如果是其它目的，看下文 使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷 http://sobereva.com/712（http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html） 以上原子电荷在下文里都有介绍 一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！ http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html） |
| 您好，我最近想用cp2k来算一下ZIF-8的电荷，看了您回sob老师的帖子有点拿不准，我想问一下您是怎么求ZIF的电荷分布的呢？望您赐教。 |
sobereva 发表于 2024-9-2 07:35 感谢sob老师耐心解答，第一次发帖就有回复有点激动 已经上传了输入文件，电荷数是我根据这个帖子中 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=26131 配体2-甲基咪唑配体带单个电子，12个配体，4个二价金属离子，因此设置-4。原始ZIF8我先用的xtb预优化了一下，然后再用gaussian算的，至于后面的Cu2+掺杂结构，我是直接替换了一个Zn2+，后面又算了一个简化结构同样收敛失败，不知道问题出在哪里，烦请老师指点迷津。 |
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每次自觉说报错或者上传输入输出文件 仔细看 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html） 另外，这种体系用CP2K优化好得多得多 并且搞清楚净电荷设置对不对 仔细看下文 谈谈怎么考察、计算、分析化学体系的电子密度 http://sobereva.com/715（http://bbs.keinsci.com/thread-46380-1-1.html） |
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