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发布时间: 2024-9-2 09:13
正文摘要:我的模型是Ni掺杂Ru合金以及溶液体系为KOH+正丙醇固-液界面。 我们老师最开始找代算计算了Ni掺杂Ru合金以及溶液体系为KOH+异丙醇固-液界面。我就是把溶质异丙醇换成正丙醇，理论上输出的.xyz文件应该比较类型吧？ ... |
本帖最后由 1285050231 于 2024-9-2 12:49 编辑 sobereva 发表于 2024-9-2 10:38 社长，我还想问一下：因为我最终目的是计算固相-法向方向上的氢键数量的分布。我看了社长关于如何计算氢键网络那篇文章《计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本》(http://sobereva.com/54)。里面分析用到的文件要求最后输出的坐标文件中包含MD计算过程中每一步原子的坐标才能进行计算。（我不确定我是否理解正确）社长你说我现在设置的是NVT，盒子的尺寸不变，盒子始终保持和输入文件的一样。我应该修改系综为何种类型，才能实现“每一步都会有轨迹文件输出呢”，热浴应该选择哪个系综呢？ 谢谢社长! ###是自己没有明白系综这个概念，我找资料搞清楚了。thermomstat和barostat综合确定一个系统是什么系综，我最开始编码没把barostat加进去，我会后续把barostat这段参数加进去。 |
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若无特殊情况一律用CSVR热浴，不要考虑Adaptive-Langevin thermostat xyz格式不记录盒子信息，pdb和dcd才记录。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里这页ppt专门说了： 
当前是NVT，盒子尺寸不变，要求输出盒子信息本来也没任何实际意义，盒子始终保持和输入文件里的一样 |
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