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g16优化酶活性位点过程中各优化指标在不断振荡而不收敛

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发布时间: 2024-9-2 09:18

正文摘要:

本帖最后由 氪铷锶钇 于 2024-9-2 09:23 编辑 我对一个酶的活性位点根据文献构造的模型,对其进行了一个非天然氨基酸的取代,在优化过程中发现total energy,RMS grandient norm等优化结果都呈现震荡而非收敛,请 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-9-2 10:43:33
写g09defaults没意义

当前只是eps=4的溶剂,优化时考虑溶剂模型不仅浪费时间,还没什么意义,还容易由于数值噪音导致难收敛

用簇模型计算酶的时候应当冻结截断处的原子,下文说了
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

有用的做法该说的都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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