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关于能量最小化Energy minimization has stopped, but the forces have not conver...

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发布时间: 2024-9-3 08:58

正文摘要:

各位老师,在模拟含有金属和配位水分子的蛋白质体系时,能量最小化遇到了: Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the requested precision Fmax < 100 (which may not be po ...

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YuniJ 发表于 Post on 2024-9-3 19:35:18
sobereva 发表于 2024-9-3 11:51
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

好的!谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2024-9-3 11:51:56
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:
YuniJ 发表于 Post on 2024-9-3 10:37:29
Loading0760 发表于 2024-9-3 10:24
参考Gromacss官方的回答
https://manual.gromacs.org/documentation/current/user-guide/run-time-errors. ...

好的,谢谢您,我去尝试一下
Loading0760 发表于 Post on 2024-9-3 10:24:02
参考Gromacss官方的回答
https://manual.gromacs.org/docum ... -the-requested-fmax
可以尝试一下这几个方法
减少最小化搜索的步长(emstep)
尝试不同的最小化算法(例如:共轭梯度法(cg),有限内存BFGS(l-bfgs))
尝试使用双精度版本的GROMACS。
尝试稍微增大模拟盒的大小。

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