不要乱找地方发帖，CP2K的问题发到NAMD分类下做什么。这次给你改了，以后注意

由于热运动（而且你还设高达1025K），被吸附物该去哪就去哪，跑到盒子边缘没有任何必然的异常。石墨的层间相对滑动的势垒很低，动力学过程中出现层间错位也是极其正常的事。

当前没什么理由用NPT，应当用NVT。