beefly 发表于 2024-9-5 15:31
手册第四章开头讲的很清楚：Molpro will run on distributed-memory multiprocessor systems, including wo ...

谢谢老师，另外我想问怎么在Xshell下运行pbs脚本呢？（这是我咨询了管理员后他告诉我使用2015版本的molpro时需要运行该脚本，里面设置了环境变量等）我在修改脚本后输入./xxx.pbs运行显示错误（该文件确实存在，无输入错误并且脚本文件和in文件在同一目录下）：

? Error
? file /public/home/liay/1-a-H2S-AVDZ.in does not exist
? The problem occurs in open_stdout

想知道我怎样才能顺利运行这个脚本？感谢赐教

手册第四章开头讲的很清楚：Molpro will run on distributed-memory multiprocessor systems, including workstation clusters, under the control of the Global Arrays parallel toolkit or the MPI-2 library. There are also some parts of the code that can take advantage of shared memory parallelism through the OpenMP protocol, although these are somewhat limited, and this facility is not at present recommended.


Molpro是MPI并行，并不是大多数程序的那种OpenMP并行，所以多核计算不仅起不到加速作用，还会妨碍别人提交任务

首先进程数和线程数取决于你编译molpro使用的环境，一般指定这两个参数运行任务，系统会根据亲和力自动调配CPU进行计算。
从图上看，你的Molpro是两进程单线程并行的，就是说所有CPU核心中只有2个核心在分别处理这两个进程。
-n设置的是进程数量，应该结合mpirun等类似命令启动计算，比如10进程并行：“mpirun -n 10 molpro .......”。
另外可能还需要手动设置线程数量，比如2线程并行，那就再执行计算前运行”export OMP_NUM_THREADS=2“。
执行之后TOP命令的CPU占用率可能会超过100%，表示核心正在超线程运行，是正常情况。