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2D自由能势能面怎么确定TS？

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Yun_ZL

发布时间: 2024-9-6 13:29

正文摘要:

使用cp2k模拟苯与甲醇反应，得到了2D自由能势能面，如何在自由能势能面上确定TS的位置呢？前期浏览过一些帖子，使用cp2k自带的graph工具可以在IS和FS两个点之间绘制最低能量路径（MEP)，如图中红色路线，不知道这样 ...

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Yun_ZL 发表于 Post on 2024-9-9 22:05:29

本帖最后由 Yun_ZL 于 2024-9-9 22:10 编辑

好的，感谢社长的解惑！！
这几天在文献中也了解到了一款软件MEPSA，可以绘制free energy path，插入的点（几十个点）比graph.popt命令多的多，软件比较简单易上手，手册非常详细，几个小时即可学会，支持windows和linux；
网址：http://bioweb.cbm.uam.es/software/MEPSA/

sobereva 发表于 Post on 2024-9-8 22:41:12

Yun_ZL 发表于 2024-9-7 10:50
非常感谢社长的及时回复。您的意思是说cp2k的graph命令“graph.popt -cp2k -ndim 2 -ndw 1 2 -file cp2k.re ...

产生路径的代码是graph_methods.F里的fes_path子程序。根据注释，用的是简单的elastic band算法（应该和CPL, 139, 375 (1987)这篇的方法差不多，我没进一步检验），这是NEB的前身。不是更高级的CI-NEB

Yun_ZL 发表于 Post on 2024-9-7 10:50:40

本帖最后由 Yun_ZL 于 2024-9-7 10:54 编辑

非常感谢社长的及时回复。您的意思是说cp2k的graph命令“graph.popt -cp2k -ndim 2 -ndw 1 2 -file cp2k.restart -find-path -point-a CVs -point-b CVs"是基于NEB或者CINEB方法产生的路径吗？那怎么在这个命令里面使用CINEB路径呢？

sobereva 发表于 Post on 2024-9-6 16:50:44

注意区分NEB和CI-NEB
NEB不会有哪个点正好落在过渡态位置。如果要将NEB路径最高点视为过渡态，应当用尽可能多用一些的点数

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