Loading0760 发表于 2024-9-13 10:44
不太行啊，社长。这个真的就是二价氧，那个区域，两个锌+8价的电荷。
四个谷氨酸，其以阴离子形式存在（ ...

如果是二价氧，那就不算游离了，而是桥联。这需要结合bond项把Zn和O部分当做一个准刚性的簇对待

sobereva 发表于 2024-9-11 11:50
游离氧可能主要是氢氧根形式存在，可以再查查相关资料，这种情况用sobtop做一个OH-的拓扑文件就行

不太行啊，社长。这个真的就是二价氧，那个区域，两个锌+8价的电荷。
四个谷氨酸，其以阴离子形式存在（-4），加上两个二价氧（-4），刚好是中和了，蛋白质就稳定。感觉是不是得上QM来描述这个区域了。

Loading0760 发表于 2024-9-11 11:42
好的老师,第一次发帖,下次一定注意.
我看了一下相关的文献,PDBID:5WLM. 他是四个锌周围有ASP,还有游离氧 ...

游离氧可能主要是氢氧根形式存在，可以再查查相关资料，这种情况用sobtop做一个OH-的拓扑文件就行

sobereva 发表于 2024-9-11 00:00
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师,第一次发帖,下次一定注意.
我看了一下相关的文献,PDBID:5WLM. 他是四个锌周围有ASP,还有游离氧,示意图已在提问中补充.这两个的作用使得局部电荷为0.如果想构建这样的体系,游离氧在分子动力学里怎么描述 ?是否需要QM/MM呢?

fffff 发表于 2024-9-10 18:18
考虑使用约束模型或者使用sobtop/MCPB构建金属离子成键模型

考虑使用约束模型吧,成键模型不太合适,因为没有成键.

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “含有金属离子的蛋白质的分子动力学模拟” 改了，以后务必注意

弄清楚初始的模型是否靠谱、Zn2+周围残基的质子化状态、溶剂环境这些问题。如果没有负电荷产生抗衡作用，四个Zn2+挤在一起必然容易分离开。必要时可以先加一些限制/约束跑一阵子然后再放开

考虑使用约束模型或者使用sobtop/MCPB构建金属离子成键模型

student0618 发表于 2024-9-10 17:35
先检查一下和Zn离子作用的残基，会不会是加氢加到coordination的地方令em时跑开了？

您好,补充了不同时间段的结构

与Zn离子作用的氨基酸应该是HIS,将其质子化状态考虑为HSE,也就是δ位置的氮原子被质子化,与Zn离子更近的氮原子未质子化

先检查一下和Zn离子作用的残基，会不会是加氢加到coordination的地方令em时跑开了？