“第25届北京科音初级量子化学培训班” 将于6月11至14日于北京举办,是初学者真正从头一次性完整、系统性学习量子化学计算,从而能很快上手量子化学研究的重要机会,比起自己摸索、鼓捣能少走无数弯路。报名正在进行中,请点击此链接查看,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

NPT平衡后的RMSD代表什么

查看数: 1115 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-9-13 09:48

正文摘要:

我进行了1ns的NPT平衡,设置的参考压力是1bar, ,这个图片显示的RMSD高达80,想请问一下这个NPT之后的RMSD,和mdrun之后轨迹的RMSD有什么区别,这个RMSD的大小正常吗,是否需要延长NPT的时间

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-9-13 15:08:37
此处的RMSD是对模拟过程中压力波动而言的,和轨迹分析对几何结构计算的RMSD完全是两码事
当前没必然异常
student0618 发表于 Post on 2024-9-13 10:26:12
不知你的体系是甚么很难判断的。
不过你这是Pressure的rmsd不是轨迹的吧,问题有点误导哦。
Lance先生 发表于 Post on 2024-9-13 09:58:01
把体系的势能grep出来看看,就能看得比较清楚。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-6-2 07:35 , Processed in 0.296525 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list