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NPT平衡后的RMSD代表什么

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发布时间: 2024-9-13 09:48

正文摘要:

我进行了1ns的NPT平衡,设置的参考压力是1bar, ,这个图片显示的RMSD高达80,想请问一下这个NPT之后的RMSD,和mdrun之后轨迹的RMSD有什么区别,这个RMSD的大小正常吗,是否需要延长NPT的时间

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sobereva 发表于 Post on 2024-9-13 15:08:37
此处的RMSD是对模拟过程中压力波动而言的,和轨迹分析对几何结构计算的RMSD完全是两码事
当前没必然异常
student0618 发表于 Post on 2024-9-13 10:26:12
不知你的体系是甚么很难判断的。
不过你这是Pressure的rmsd不是轨迹的吧,问题有点误导哦。
Lance先生 发表于 Post on 2024-9-13 09:58:01
把体系的势能grep出来看看,就能看得比较清楚。

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