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gmx小分子配体蛋白质体系模拟结果蛋白质结构异常

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发布时间: 2024-9-13 12:12

正文摘要:

如图,不知是出了什么问题,请各位大神帮忙解决!感谢!

回复 Reply

一条空空的河 发表于 Post on 2024-9-13 19:44:38
Frozen-Penguin 发表于 2024-9-13 12:25
可能是周期性边界条件的问题,原子出现在周期性盒子的两端,显示的时候直接连起来了

已解决!感谢!
一条空空的河 发表于 Post on 2024-9-13 19:44:08
Loading0760 发表于 2024-9-13 12:35
消除周期性边界条件就好了。

谢谢!
Loading0760 发表于 Post on 2024-9-13 12:35:36
  1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_fixed.xtc -pbc mol
复制代码

消除周期性边界条件就好了。
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2024-9-13 12:25:58
可能是周期性边界条件的问题,原子出现在周期性盒子的两端,显示的时候直接连起来了

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