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借助柔性扫描找过渡态时l999以及步长步数设置咨询

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发布时间: 2024-9-14 10:02

正文摘要:

本帖最后由 杰小黑 于 2024-9-14 22:19 编辑 前辈们好!我想确定苯氧自由基的邻位和对位,被其它自由基(如,羟基自由基、硫酸根自由基和另外一个苯氧自由基)进攻时,有无过渡态。我目前的做法是,先优化了产物 ...

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杰小黑 发表于 Post on 2024-9-14 15:28:36
wxyhgk 发表于 2024-9-14 14:39
传个网盘不就行了,多简单的事情

您好,给了链接了。
wxyhgk 发表于 Post on 2024-9-14 14:39:35
杰小黑 发表于 2024-9-14 13:31
不好意思没说清楚。输出文件不是不想上传,是文件大小超了,上传不了。就是Number of steps exceeded问题 ...

传个网盘不就行了,多简单的事情
杰小黑 发表于 Post on 2024-9-14 13:41:08
imasen 发表于 2024-9-14 12:05
如果能跑到图1和图2那样后半段比较平滑的曲线我觉得已经足够说明问题了,即使后边报错了也不要紧,只能代表 ...

谢谢您的回答,很有帮助。还有几个疑问,1)最后一个图(这个其实是l502问题)中虽然没有出现平缓的线,但是优化了19步了,此时的距离差不多就是两者范德华半径的距离了,在multiwfn中设置范德华半径看后,就刚刚挨着,此时是不是也能说明没有过渡态了。我记得之前看到过一个帖子,有人这么说。2)如果说非要把这20步跑完的话,是不是就是按照常规解决l999和l502的方法去做,无非就是计算量大一点,从头开始重新跑 。3)确实会遇到结构突变,特别是头尾相连的两个苯氧自由基,扫描几步后,两个苯氧自由基从“串联”一下子变成了“面对面”。这种情况,是不是需要重新调整初始结构,重新SCAN或者直接去找TS。
杰小黑 发表于 Post on 2024-9-14 13:31:44
wxyhgk 发表于 2024-9-14 11:39
你的输出文件呢?

还有“l999” 不是报错!经常看到的 L9999 报错,只是高斯的完成和输出而已。L9999 代 ...

不好意思没说清楚。输出文件不是不想上传,是文件大小超了,上传不了。就是Number of steps exceeded问题。前面两个图是都是这个问题,最后一个图是l502问题。就是只是一个结构优化出问题的话,我可以根据之前卢老师几何结构优化不收敛和SCF不收敛的帖子去改变方法试,但是这个SCAN任务,优化这么多步,不知道该怎么解决。是不是跟普通的结构优化一样,不过SCAN就是从头把每一步都再算一遍。
imasen 发表于 Post on 2024-9-14 12:05:55
如果能跑到图1和图2那样后半段比较平滑的曲线我觉得已经足够说明问题了,即使后边报错了也不要紧,只能代表当前在跑的点几何优化不收敛,可能两个部分距离较远已经没啥作用势能面太平缓导致的,但不影响你用已经算完的点去判断。如果出现能量突变的点也不要只看能量变化,可能是结构突变导致的,比如图二的最后一个点,可能它对于你判断是否有过渡态已经没有帮助了。
wxyhgk 发表于 Post on 2024-9-14 11:39:16
你的输出文件呢?

还有“l999” 不是报错!经常看到的 L9999 报错,只是高斯的完成和输出而已。L9999 代表计算完成了。



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