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求助：小分子拓扑文件参数被审稿人质疑

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whitemouse

发布时间: 2024-9-18 14:13

正文摘要:

本帖最后由 whitemouse 于 2024-9-18 14:13 编辑各位老师好，最近我在做一个蛋白质-小分子相互作用相关的模拟，文章投出去后审稿人有一条回复意见说：For instance, it has already been shown by Trout and co- ...

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whitemouse 发表于 Post on 2024-9-18 17:50:34

sobereva 发表于 2024-9-18 16:39
首先精氨酸的参数就根本不应该基于Hessian来算，sobtop主页上已经强调得没法更清楚了http://sobereva.com/s ...

好的，谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2024-9-18 16:39:42

首先精氨酸的参数就根本不应该基于Hessian来算，sobtop主页上已经强调得没法更清楚了http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
精氨酸的参数直接用标准、较新蛋白质力场的，诸如AMBER14SB、CHARMM36m，起码比你自己搞的强。如果有文章指出确实存在问题，若那篇文章给了解决办法、改进的参数，就自己编辑参数文件来使用

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