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想询问甲烷与水扩散过程求扩散系数

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hzx
发布时间: 2024-9-20 15:31

正文摘要:

我想询问sob老师和各位大神,我用gromacs做甲烷与水扩散过程求扩散系数,甲烷看作一个原子,水用的tip4p-ice水模型,温度300压力3mpa,最初建立盒子3*3*9nm,500甲烷原子和1000个水分子,模拟结束后的md.gro这样,md ...

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hzx 发表于 Post on 2024-9-23 09:09:22
leodennis 发表于 2024-9-20 17:22
应该是放少了,NPT跑完分子应该是紧实的,看模拟结果好像分子间空隙挺大的。分子放置数量可以根据密度公式r ...

多谢大神
leodennis 发表于 Post on 2024-9-20 17:22:37
应该是放少了,NPT跑完分子应该是紧实的,看模拟结果好像分子间空隙挺大的。分子放置数量可以根据密度公式rho=m/V进行计算的,常温常压下,水分子数密度是33个/nm^3。扩散系数可以用软件里面的均方位移msd进行计算,溶解度需要明确具体的定义,至于结果正确性,就得跟文献作对比了。

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