非均匀电场下分子动力学的模拟问题

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发布时间: 2024-9-20 19:18

大家好，我们对于图1所示的体系进行分子动力学模拟，想要观察到体系中的氯离子在非均匀电场下的运动。我们的想法是通过对于金电极一端施加正电荷一端施加负电荷，从而形成非均匀电场。然后固定体系中DNA，电极，小 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-9-20 22:24:00

周晨发表于 2024-9-20 21:11
sob老师，这个主要是分析静电相互作用，定义能量组之后rerun轨迹，然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非 ...

检查作用能随距离的变化，如果是逐渐平滑减小的，说明距离太远导致作用已经微弱了

周晨 发表于 Post on 2024-9-20 21:11:01

本帖最后由周晨于 2024-9-20 21:12 编辑

sobereva 发表于 2024-9-20 19:37
说具体“相互作用分析”具体指什么

sob老师，这个主要是分析静电相互作用，定义能量组之后rerun轨迹，然后分析氯离子组与金锥电极组之间的非键相互作用。

sobereva 发表于 Post on 2024-9-20 19:37:41

说具体“相互作用分析”具体指什么

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