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经过周期性边界矫正，轨迹还是出现问题，一个蛋白出现在盒子的两边(已解决)

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Willow0114

发布时间: 2024-9-25 09:33

正文摘要:

本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-25 10:16 编辑如题所示，我通过gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_whole.xtc -pbc whole；gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_whole_nojump.xtc -pbc nojump；gmx trj ...

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M230351121 发表于 Post on 2024-9-26 09:35:18

sobereva 发表于 2024-9-25 22:18
确保一开始蛋白质是完整的，如果MD中途有的链跨盒子了，用-pbc cluster方式处理轨迹，保持完整的组选择蛋 ...

好的，谢谢老师。

sobereva 发表于 Post on 2024-9-25 22:18:50

M230351121 发表于 2024-9-25 21:04
请问是如何解决的呢，我也出现这种问题，盒子是十二面体菱形盒子

确保一开始蛋白质是完整的，如果MD中途有的链跨盒子了，用-pbc cluster方式处理轨迹，保持完整的组选择蛋白质，就可以避免不同的链分家

M230351121 发表于 Post on 2024-9-25 21:04:32

请问是如何解决的呢，我也出现这种问题，盒子是十二面体菱形盒子

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