Seyilaxa 发表于 2024-9-28 23:45
是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

请问首尾相连的环肽，用pdb2mgx怎么建拓扑呀？看了就算是简单的环肽，还是失败了

乐乐乐 发表于 2024-9-29 10:44
看了一下，还真是拓扑有问题；pymol居然显示的是正确的；离谱

可视化软件如pymol通常是按距离判断成键的，gmx模拟是看拓朴的。目的不同，要检查的文件自然不同。

Seyilaxa 发表于 2024-9-28 23:45
是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

好滴好滴，我手动试试

xinlanyh 发表于 2024-9-28 20:38
断开肯定是拓扑关系没定义好，检查拓扑里的成键关系是不是对的。

看了一下，还真是拓扑有问题；pymol居然显示的是正确的；离谱

是用pdb2gmx建的拓扑文件吗，这种方法只能处理首尾相连的大环肽，侧链成环的肽要自己手动改拓扑

断开肯定是拓扑关系没定义好，检查拓扑里的成键关系是不是对的。