chenwei 发表于 2024-12-2 22:53
你好，我目前关于本帖子的问题已经解决。主要问题出现在小分子的拓扑文件上。我先用sobtop生成GAFF力场下 ...

谢谢楼主大大

Seyilaxa 发表于 2024-12-2 23:53
量化计算没有任何理由不加本应该有的氢，否则只会优化出不合理的结构
原来的问题多半是生成itp时部分键 ...

非常感谢您的指导，我再试试

chenwei 发表于 2024-12-2 22:53
你好，我目前关于本帖子的问题已经解决。主要问题出现在小分子的拓扑文件上。我先用sobtop生成GAFF力场下 ...

量化计算没有任何理由不加本应该有的氢，否则只会优化出不合理的结构
原来的问题多半是生成itp时部分键连关系或原子类型指认有误，导致的拓扑不合理

暮晨 发表于 2024-10-28 17:11
好的楼主大大，谢谢你

你好，我目前关于本帖子的问题已经解决。主要问题出现在小分子的拓扑文件上。我先用sobtop生成GAFF力场下的拓扑文件，在itp文件中没有improper项的内容（显示No improper needs to generate），能量最小化出现上述问题。 后来，找人代做，在利用高斯软件优化配体结构计算resp电荷过程中，未加小分子六元环上的氢，在41个原子基础上计算的，后面用的acpype生成GAFF力场的配体拓扑文件，经过对比，各原子电荷与之前不同，itp文件中出现二面角的improper项，其他我没仔细看。然后接着跑em，未出现能量不收敛的情况，nvt、npt、md能跑下去，但是出现新的问题（box不断变大），我也发帖问各位老师了，就不在赘述。我后面再试试小分子计算去掉6个氢试试。以上是我的一点经验和看法，不确定是否正确，仅供参考。

student0618 发表于 2024-10-28 22:43
配体的polar hydrogen是怎么决定的？也检查一下配体有没有跟蛋白的原子重叠。

好的，谢谢

配体的polar hydrogen是怎么决定的？也检查一下配体有没有跟蛋白的原子重叠。

chenwei 发表于 2024-10-28 10:58
目前还没有，找别人做了，等待结果出来，我再分析是哪一步错了，再分享经验

好的楼主大大，谢谢你

littlefive 发表于 2024-10-28 15:08
后面MD能正常跑，应该没有什么问题。以前社长回答过这类问题http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr ...

我试过接着跑MD，刚开始nvt平衡，就出现大量的错误，过程中生成的pdb文件打开后发现配体的结构已经跑散了，也按照社长的检查方法尝试找原因，结果都是跑散，我觉得问题就是出在小分子上，加了resp电荷就出错，可能是我处理的不对，不是很懂这方面

后面MD能正常跑，应该没有什么问题。以前社长回答过这类问题http://bbs.keinsci.com/forum.php ... F%D7%EE%D0%A1%BB%AF

暮晨 发表于 2024-10-24 14:44
楼主大大，这个问题请问一下您解决了吗？

目前还没有，找别人做了，等待结果出来，我再分析是哪一步错了，再分享经验

楼主大大，这个问题请问一下您解决了吗？

谢谢指导，我是试过先steep，emtol=1000，然后cg，再把emtol调成100，试了几次还是不行，我再按照您说的方法试试。

    遇到这种情况可以先用steep，把emtol 调大点，比如150，然后再cg，cg不成继续steep，总之就是多做最小化，慢慢减少emtol 的数值，交替steep和cg。等差不多了，直接上npt，把步长调小，比如0.001等平衡好了再回归正常做md。
   或者安装双精度版本做最小化，sob老师有帖子教怎么装。