gromacs 模拟蛋白质和配体复合物后，RMSD波动很大，用了不同命令处理不知道是否合理

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发布时间: 2024-9-30 10:57

本帖最后由雨中宇于 2024-9-30 11:01 编辑各位老师好，我最近在进行蛋白质配体复合物模拟，在进行RMSD值分析的过程中RMSD值突越，我使用了-pbc mol 命令效果并不好，观察轨迹发现配体分子在盒子上下来回跳跃， ...

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beyond 发表于 Post on 2026-1-9 01:27:57

RMSD达到了1.5~2.0 nm，很大了，通常蛋白的backbone的RMSD不会这么大
也需要好好检查一下

friend 发表于 Post on 2026-1-8 20:05:40

本帖最后由 friend 于 2026-1-8 20:10 编辑

LJZZZZ 发表于 2025-10-9 11:12
sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

你好，楼主，请问一下，您的这个问题解决了吗？我在模拟的时候也出现了这个情况。

sobereva 发表于 Post on 2025-10-9 13:52:15

LJZZZZ 发表于 2025-10-9 11:12
sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

根据Rg的定义，结合VMD看轨迹图像判断情况

LJZZZZ 发表于 Post on 2025-10-9 11:12:51

sobereva 发表于 2024-10-1 03:29
可以。这都是下文专门说过的情况
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（h ...

sob老师我想问，我已经确定了RMSD达到平衡，但我导出Rg数据作图后波动很大，该怎么去解释呢

微信图片_20251009111134_227_222.png (53.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

黑色是复合物，红色是纯蛋白

sobereva 发表于 Post on 2024-10-1 03:29:17

可以。这都是下文专门说过的情况
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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