我很少用这个也通常都没算entropy contribution。不过我Google了一下你贴的报错，最后一行是否FATAL: allocation failure in vector ()？
https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/RDCC32xtJ_o
这回帖指是因为内存不足，可尝试只用一个cpu算或增加内存。

gmx_MMPBSA 官网搜一下entropy就有normal mode 和interaction entropy的示例哦。