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如何使用gmx_MMPBSA计算复合物的TΔS?

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发布时间: 2024-10-1 12:28

正文摘要:

各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,正在使用gmx_mmpbsa计算复合物的T∆S,从而计算总结合自由能。官网给出的例子是用C2 entropy计算T∆S,我想问一下使用gmx_mmpbsa计算T∆S必须用C2 entropy进 ...

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student0618 发表于 Post on 2024-10-2 18:53:04
我很少用这个也通常都没算entropy contribution。不过我Google了一下你贴的报错,最后一行是否FATAL: allocation failure in vector ()?
https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/RDCC32xtJ_o
这回帖指是因为内存不足,可尝试只用一个cpu算或增加内存。
student0618 发表于 Post on 2024-10-2 16:21:57
gmx_MMPBSA 官网搜一下entropy就有normal mode 和interaction entropy的示例哦。

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