cp2k计算AIMD怎么实现某个化学键个数随着时间变化，如下图Ca-O键

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发布时间: 2024-10-2 18:46

cp2k计算AIMD怎么实现某个化学键个数随着时间变化，如下图Ca-O键个数随计算时间的变化。

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zaq1 发表于 Post on 2025-3-17 16:35:42

同学你好，我想问一下这幅图里面的两条曲线是怎么得到的，很清晰的那两条曲线，是算的平均值还是什么

李思玫 发表于 Post on 2024-12-26 11:54:17

lyj714 发表于 2024-10-2 21:07
如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

老师，您好，请问基底和吸附物质都有O原子，想统计基底中的Ca和吸附分子H2O中的Ow的化学键浓度变化，怎么统计呢

李思玫 发表于 Post on 2024-10-3 18:05:45

lyj714 发表于 2024-10-2 22:32
先看文章怎么定义Ca和O怎样才算成键，有定义才可统计。

谢谢老师

李思玫 发表于 Post on 2024-10-3 18:05:27

好的谢谢sob老师，我试一下

sobereva 发表于 Post on 2024-10-3 01:05:44

李思玫发表于 2024-10-2 21:19
不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

写脚本，循环每一对Ca和O的距离，根据距离阈值判断就完了

lyj714 发表于 Post on 2024-10-2 22:32:33

李思玫发表于 2024-10-2 21:19
不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

先看文章怎么定义Ca和O怎样才算成键，有定义才可统计。

李思玫 发表于 Post on 2024-10-2 21:19:11

lyj714 发表于 2024-10-2 21:07
如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

lyj714 发表于 Post on 2024-10-2 21:07:28

本帖最后由 lyj714 于 2024-10-2 21:08 编辑

如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

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